RegierungskritikerInnen, religiöse Minderheiten und Militärdienstverweigerer stehen unter großem Druck.
Seit Beginn des Grenzkonflikts mit Äthiopien hat sich die Menschenrechtslage in Eritrea verschärft. 2001 ließ Präsident Afewerki elf Parteifunktionäre, die ihm kritisch gegenüber standen, verhaften. Sie werden an unbekanntem Ort festgehalten, darunter der ehemalige Außenminister Petros Salomon. Seine Frau, Aster Yohannes, ereilte dasselbe Schicksal zwei Jahre später, als sie aus den USA zurückkehrte, um ihre Kinder zu sehen. Zehn Journalisten, die angeblich mit den Dissidenten sympathisierten, wurden gleichfalls inhaftiert, private Presse gibt es seit 2001 keine mehr. Von den damals gezählten 75 im Land tätigen Hilfs- und Entwicklungsorganisationen mussten die meisten ihre Arbeit beenden.
Neben RegimekritikerInnen werden religiöse Minderheiten sowie Männer und Frauen verfolgt, die dem Militärdienst zu entkommen versuchen, und ihre Verwandten. Seit 2002 sind in dem Vielvölkerstaat vier Religionsgemeinschaften offiziell zugelassen, die eritreisch-orthodoxe, die katholische, die evangelisch-lutherische Kirche und der Islam. Gejagt werden vor allem Mitglieder von Pfingstkirchen, die verdächtigt werden, den USA nahe zu stehen. 2007 hat die Regierung Hunderte Gläubige festnehmen lassen, die ohne Kontakt, Urteil oder Prozess festgehalten werden. Flüchtlinge berichten von schwerer Folter, Inhaftierte werden in Schiffscontainern zusammen gepfercht, die sich tagsüber extrem aufheizen, nachts extrem abkühlen.